Copyright (C) 2011  N.D. Price Lab
 
This program is free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.
This program is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
GNU Affero General Public License for more details.
 
You should have received a copy of the GNU Affero General Public License
along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.

Modules
		math AUREA.learner.wilcoxon

Classes
		ResourceEstimate   class ResourceEstimate     A class for estimating the number of cycles and amount of memory that is  going to be necessary to run a particular algorithm ******************************** http://support.hyperic.com/display/SIGAR/Home for getting current memory etc ********************************     Methods defined here: Diracspace(self) IDM: k IRM: (s+2)*x bits grt: k grms: k grci = 2*num gene nets Diractime(self, min_network_size=3) Approximate number of operations for Dirac IDM: k IRM: k grt: s*x grms: s*x grci: 2*x Where x is the sum of n choose 2 where n is the cardinality     of each gene network for all gene networks TSPspace(self, restrictions) TSPtime(self, restrictions) Approximate operations to run TSP TSTspace(self, restrictions) TSTtime(self, restrictions) Approximate operations to run TST __init__(self, data, class1size, class2size, numGenes, gene_net_size, ram=None, processor_speed=1.0) getSeconds(self, cycles, mem_req) getWilcoxon(self) Returns a Wilcoxon object kTSPspace(self, maxk, num_cross_validate) size(table) + size(input_data) +  size(rank_sum) + kTSPtime(self, maxk, num_cross_validate, restrictions) Approximate number of operations for kTSP wilcoxonTime(self) willSwap(self, mem_req) Data and other attributes defined here: GIGABYTES = 1073741824 GIGAHERTZ = 1000000000 SWAP_PENALTY = 1000000